※本件は先日リリースされた Unity2017.1f3で修正されていることを確認しました。
The referenced script on this Behaviour (Game Object 'Hoge') is missing!
Unity外でファイル名を変更などするとmetaファイルが書き換わり、上記のMissingコンポーネントという警告がコンソールに表示されます。
Missingコンポーネント状態になると↑のようにGUI(インスペクタ)上にもその旨が表示されます。
Unity5.6以前であれば、Missingコンポーネント状態がずっとインスペクタに表示されていたと思いますが、Unity2017.1f1では消えてしまいます。
こうなります。GUI上からは解決できない状態。
これは非常に厄介な問題で、プレファブまたはシーンファイルをテキストエディタで開き、GUIDをプロジェクト内で検索して存在しなければ削除する、といった作業が発生します。
GUIDで検索する方法はコチラで紹介しています。
Prefabの内部構造を調査した記事はコチラ。
Missing Component自体があまりレアなケースではないため、早々にGUI上で解決出来るようにしてもらいたいです。