Android開発している際に、AndroidManifest.xmlをごにょごにょ書き換えることが多々あります。最終的にビルド時に書き出されるAndroidManifest.xmlの位置をメモしておきます。
Unityプロジェクトルート/Temp/gradleOut/build/intermediates/ merged_manifests/debug/processDebugManifest/merged/AndroidManifest.xml
最終的に書き出されるAndroidManifest.xmlは上記のパスに書き出されます。
以上